
Con el propósito de orientar la gestión ambiental en Colombia, en diciembre de 1993 el Congreso de la República expidió la Ley 99 “Por la cual se crea el Ministerio del Medio Ambiente, se reordena el Sector Público encargado de la gestión y conservación del medio ambiente y los recursos naturales renovables, se organiza el Sistema Nacional Ambiental -SINA- y se dictan otras disposiciones”
En el marco de dicha ley, además de la Corporación Autónoma Regional del Río Grande de la Magdalena creada por el artículo 331 de la Constitución Nacional de 1991, el territorio colombiano quedó jurídicamente distribuido entre 34 Corporaciones Autónomas Regionales establecidas como entes corporativos de carácter público, integrados por las entidades territoriales que por sus características constituyen geográficamente un mismo ecosistema o conforman una unidad geopolítica, biogeográfica o hidrogeográfica, dotados de autonomía administrativa y financiera, patrimonio propio y personería jurídica, encargados de administrar, dentro de su área de jurisdicción, el medio ambiente y los recursos naturales renovables, y de propender por su desarrollo sostenible, de conformidad con las disposiciones legales y las políticas del Ministerio del Medio Ambiente.
Entre estas 35 corporaciones, ocho son formalmente diferenciadas como Corporaciones para el Desarrollo Sostenible.
Estas Corporaciones cubren las Regiones con Régimen Especial de: el Chocó, la Sierra Nevada de Santa Marta, la Serranía de la Macarena, la Región de Urabá, el departamento Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina, la Región de la Mojana y del San Jorge y la Amazonia Colombiana. Sobre esta última comparten jurisdicción la Corporación Autónoma Regional de Nariño – CORPONARIÑO ‑, la Corporación Autónoma Regional del Cauca CRC; la Corporación para el Desarrollo Sostenible de La Macarena – CORMACARENA ‑, la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Norte y el Oriente Amazónico – CDA ‑ y la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Sur de la Amazonia – CORPOAMAZONIA ‑ (sic).
De acuerdo con el Artículo 35 de la citada Ley, el área de jurisdicción de Corpoamazonia está conformada por los territorios de los Departamentos de Amazonas (±109.000 km2), Caquetá (±91.000 km2) y Putumayo (±25.000 km2), con sede principal en la ciudad de Mocoa, Putumayo y subsedes en las ciudades de Leticia, Amazonas y Florencia, Caquetá.
Este territorio que representa aproximadamente el 5% del área total de la cuenca hidrográfica del río Amazonas, el 19% del territorio continental colombiano y el 55% del total de la Amazonia Colombiana, está conformado administrativamente por 31 Municipios y "nueve Corregimientos Departamentales”.