En la región, se presentan: Bosques Pluviales de Llanura y Bosques Montanos. Al norte se presentan Bosque de Alisio, y praderas arbustivas y graminoides.
A.- Bosques Pluviales de la Llanura: integrados por la Hylaea Occidental, la Hylaea Noroccidental y la Hylaea Región Caquetá – Vaupés.
1.- Hylaea Occidental: La conforman:
a.) Bosque Pluvial de Tierra Firme, siempreverde; con vegetación arbórea abundante en Leguminosas, Bombacáceas, Miristicáceas, Solanáceas, Rubiáceas, Compuestas y Lauráceas, entre otras; presenta el género Theobroma, casi exclusivo del sector; alta presencia de palmeras, familias higrófilas como las Musáceas, epífitas, orquídeas y especies del genero Strychnos. En frutales se destacan las Mirtáceas, Sapotáceas, Anacardiáceas, Lecitidáceas y Leguminosas.
b.) Bosques de Várzea; de gran riqueza florística, entre ella el Hevea brasiliensis. En áreas inundadas son frecuentes árboles de gran tamaño como Piptadenia pteroclada, Parkia inundabilis, Ceiba pentandra, entre otras.
Asociados a otos ríos de aguas claras se presentan bosques de Várzea; como también bosques de Igapó asociados a ríos de aguas negras, además de la Catinga amazónica, sobre llanuras arenosas, tiene especies como Hevea pauciflora y H. viridis.
De especial importancia son: Cedrela odorata, Swietenia macrophylla y Cedrelinga catenaeformis; leguminosas como Trattinickia peruviana, Quassia simarouba, Virola spp, Hura crepitans, y los géneros Ceiba, Bombax, Apeiba, Inga, Ochroma, y Clusia, entre otros.
2.- Hylaea Noroccidental cubre la cuenca del río Negro. Centro principal de la catinga amazónica. Conformada por:
a.) Bosques de Tierra Firme y de Igapó: con numerosas leguminosas leñosas; contiene uno de los dos centros de aglomeración mundial de Cesalpinacéas, con los géneros Dimorphandra, Peltogyne, Eperua y Elizabetha, entre otras. Géneros ricos en endémicas como Dicoryna, Macrolobium y Swanrtzia, y familias como Euforbiácea, Guttifera y Vochisiácea. En frutales se destacan Sapotáceas, Rapatáceas, Miristicáceas, Maplpigiáceas y Rutáceas, entre otras. En palmas abundan Leopoldina piassaba y Mauritia vinifera.
Los Bosques de Igapó, presentan especies como: Licania heteromorpha, Panopsis rubescens, Conepia spp., Roupala obtusa; los géneros Inga, Phitecolobium, Calliandra, Parkia, Swartzia, y variadas Melastomatáceas, Mirtáceas y Rubiáceas. También se presentan Catingas, formadas por Compsoneura debilis, Clusia spathulaefolia, Sphaeradenia amazonica, Bactris cuspidata, entre otras. Abundan las orquídeas, bromeliáceas, musgos y helechos.
De especial importancia son: Carapa guianensis, Cedrela odorata, Cariniana micrantha, Peltogyne spp., Mimusops huberi y especies de Calycophyllum, Eperua y Caryocar.
3.- Hylaea Región Caquetá – Vaupés: se relaciona con la Hylaea noroccidental y los andes inferiores; Está formada por bosques de tierra firme, con Catingas e Igapós. Económicamente se desatacan el Caucho y la Cinchona.
B.- Bosques Montanos: integrados por:
a.) Bosque Subandino, (1.000 m a 2.400 m); menor en especies de raíces tabulares, palmas, epífitas y lianas, y mayor presencia de árboles con hojas pequeñas y helechos arbóreos. Especies de interés biogeográfico son Quercus granatensis, Juglans columbiensis y Podocarpus spp.
b.) Boques Andinos (2.400 m a 3.800 m), con neblinas regulares y alta humedad. Árboles de 4 m a 6 m, muchos deciduos, con hojas pequeñas y fustes cubiertos con musgos y epífitas dicotíleas. De especial importancia se destacan Weinmannia, Brunellia, Clusia, Befaria, Eugenia, Ilex, Oreopanax, entre otros.
c.) Subpáramos (3.800 m a 4.200 m), con arbustos de las especies Escallonia, Rapanea, Weinmannia, Miconia y Gynoxis, entre otras.
d.) Páramos (> 4.200 m) Presenta asociaciones de prados andinos con pequeños bosques de Polylepis y Espeletia.
- Económicamente se destacan Podocarpus spp., Salix humboldtiana, Cinchona pubescens y Tabebuia spp., entre otras.