En la región del Sur de la Amazonia colombiana existen aproximadamente 4.937 km de vías entre primarias, secundarias y terciarias. La red primaria – nacional – está representada por 642 km; La red secundaria – departamental ‑, cuenta con 361 km; y la red terciaria – municipal ‑ cuenta con 3.934 km. El 8% del total de las vías se encuentran pavimentadas aunque no necesariamente en buen estado, y el restante 92% en afirmado.

En términos de infraestructura fluvial, en la región existen aproximadamente 5.292 km de tramos navegables para embarcaciones con capacidad de carga menor a 25 toneladas: 116 km sobre el río Amazonas; 1.200 km sobre el río Caquetá; 1.600 km sobre el río Putumayo; y, 2.376 km sobre los principales afluentes de estos tres. De toda la red navegable, 2.229 km (42%) permiten la movilización de embarcaciones con capacidad mayor a 25 toneladas.

Existen registros del Ministerio de Trasporte para el año 1997 sobre la operación en la región de 14 empresas de transporte, las cuales movilizaron 320.000 pasajeros y 67.700 toneladas de carga, hacia y desde los principales puertos de la región como Leticia, Puerto Asís, Puerto Leguízamo, Solano, Curillo, y Cartagena del Chairá, y otros de menor capacidad como Puerto Guzmán, San Vicente del Caguán, Puerto Ospina, El Encanto, Puerto Arica y Tarapacá.

La Aeronáutica Civil Colombiana presenta un registro oficial de 12 aeropuertos en la región que prestan sus servicios de carga y pasajeros a través de las empresas, AERO-REPÚBLICA, AIRES, SATENA, LATINA de AVIACIÓN, AEROSUCRE y otras empresas privadas que realizan vuelos charter.
Sin embargo, la infraestructura vial y de trasporte existente, presenta características de marginalidad. Para las condiciones de la región la articulación de un sistema de transporte multimodal, representa una alternativa válida para establecer un adecuado intercambio comercial, tanto hacia adentro como hacia fuera de la misma.

En la región funcionan siete empresas prestadoras del servicio de telecomunicaciones: TELECOM, COMCEL, CELUMÓVIL, COMPARTEL, ETB, TELECAQUETÁ y ORBITEL. De éstas, las tres primeras tienen presencia en los tres departamentos; TELECOM es la que cuenta con mayor infraestructura y cobertura en la prestación de servicios tradicionales de telecomunicaciones, seguida de ETB y TELECAQUETÁ; las restantes, ofrecen servicios de telefonía satelital.

El servicio de televisión nacional es deficiente; existen empresas de televisión por cable, principalmente de carácter comunitario, la mayoría de las cuales están en trámite de legalización de su situación ante el Consejo Nacional de Televisión. Otras empresas privadas como SKY y DIRECT TV ofrecen sus servicios a una cantidad limitada de usuarios.

Otro medio masivo de comunicaciones es la radio, para el que existen 34 emisoras entre comerciales y comunitarias de baja cobertura, distribuidas en los diferentes municipios de la región.

A diciembre de 2001, de los 31 municipios del área de jurisdicción, 23 contaban con suministro permanente de energía eléctrica de la red de interconexión nacional. De este total, 12 pertenecientes al Departamento de Caquetá, están interconectados a través de la línea de transmisión Betania – Altamira – Florencia de 115 kv y 140 km de longitud, y de allí en las líneas Florencia – Albania y Florencia – Puerto Rico; y, los 11 restantes pertenecientes al Departamento de Putumayo están interconectados a través de las líneas de transmisión Pasto – Mocoa de 115 kv y 100 km de longitud, y Pasto – Valle de Sibundoy de 34,5 kv y 60 km de longitud; y de allí en las líneas Mocoa – Puerto Caicedo – Yarumo ‑ La Hormiga y Mocoa – Puerto Guzmán.