La región del sur de la Amazonia Colombiana es una región fronteriza que comparte límites con las Repúblicas de Ecuador, Perú y Brasil.

La frontera internacional quedó totalmente establecida en 1928 cuando se llevó a cabo el proceso de definición de fronteras con la República de Brasil; ya que en años anteriores se habían definido las fronteras con Ecuador y Perú.

La frontera con Ecuador fue establecida inicialmente mediante el tratado Suárez-Muñoz Vernaza del 15 de julio de 1916 que en su artículo segundo establece  “[…] de allí una línea a la cumbre, de donde vierte la fuente principal del río San Miguel; este río, aguas abajo, hasta el Sucumbíos, y éste hasta su desembocadura en el Putumayo; de esta boca en dirección Sudoeste al divortium aquarum entre el Putumayo y el Napo; y por este divortium aquarum hasta el origen principal del río Ambiyacú, y por el curso de este río hasta su desembocadura en el Amazonas […]”.

La longitud aproximada de esta frontera, señalizada con cinco hitos de Primer Orden, es de 586 km, de los cuales 271 km hacen parte del área jurisdiccional de CORPOAMAZONIA.

El 24 de marzo de 1922 el tratado Lozano‑Salomón determinó los siguientes límites entre las Repúblicas de Perú y Colombia: “desde el punto en que el meridiano de la boca del río Cuhimbé en el Putumayo corta al río San Miguel o Sucumbíos, sube por ese mismo meridiano hasta dicha boca del Cuhimbé, de allí por el Thalweg del río Putumayo hasta la confluencia del río Yaguas; sigue por una línea recta que de esta confluencia vaya a la del río Atacuarí en el Amazonas, y de allí por el thalweg del río Amazonas hasta el límite entre el Perú y el Brasil establecido en el tratado Perú‑Brasileño de 23 de octubre de 1851.”

La longitud aproximada de esta frontera, señalizada con seis hitos de Primer Orden y dos de Segundo Orden, es 1.315 km, los cuales hacen parte del área de jurisdicción de CORPOAMAZONIA.
El 15 de noviembre de 1928 se establece el tratado García Ortíz‑Mangabeira que define los límites entre Colombia y Brasil en los siguientes términos: “La frontera entre Colombia y Brasil, a partir de la desembocadura del río Apaporis en el Yapurá o Caquetá, término de línea estipulada en el Tratado de 24 de abril de 1907, será una línea recta que, partiendo de dicha desembocadura, vaya a encontrar la población brasileña de Tabatinga sobre la margen izquierda del río Amazonas”.

La longitud aproximada de esta frontera, señalizada con 3 hitos de Primer Orden y 9 de Segundo Orden, es de 370 km, los cuales hacen parte del área de jurisdicción de CORPOAMAZONIA.
El establecimiento de los límites internos ha sido más dinámico. A partir del año 1904 en la región se han expedido gran cantidad de normas entre Leyes, Decretos y Resoluciones Ejecutivas, que crean, eliminan, fusionan entidades territoriales y anexan y desanexan territorios de manera indiscriminada, a tal punto de generar cambios en el ordenamiento territorial en el lapso de apenas algunos meses.
Esta dinámica ha estado asociada fundamentalmente a intereses económicos, políticos, militares (en el establecimiento de soberanía nacional) y sociales.