En 1964 se inicia un proceso de establecimiento de áreas para la protección y la conservación de la biodiversidad nacional, a partir de la creación del Parque Nacional Natural Cueva de los Guácharos, en el Departamento del Huila.

Posteriormente, a partir de la Promulgación del Decreto 2811 de 1974 se crean las condiciones para configurar en el país un Sistema de Áreas Protegidas, orientadas a la conservación de aspectos de la diversidad biológica. En ella se definen las categorías de Reserva Natural, Parque Natural, Santuario de Flora, Santuario de Fauna, Área Natural Única y Vía Parque.

El propósito fundamental para la creación de dichas áreas de manejo especial es el de la administración, manejo y protección del ambiente y de los recursos naturales renovables.

En la actualidad el Sistema Nacional de Áreas Protegidas cuenta con 37 Parques Nacionales, dos Reservas Naturales, 10 Santuarios de Flora y fauna, un Área Natural Única y una Vía Parque.

En la Amazonia Colombiana existen 7 Parques Nacionales, dos Reservas Naturales, además del Santuario de Flora y Fauna Isla de la Corota, y el sitio Ramsar La Cocha, ambos localizados en el Departamento de Nariño. De los siete Parques, cinco están completamente dentro del área de jurisdicción de CORPOAMAZONIA, uno ocupa una pequeña porción al norte del departamento de Caquetá y el otro comparte una pequeña porción de territorio con el Departamento de Guaviare.

El primero en constituirse en la región fue el Parque Nacional Cordillera de los Picachos creado mediante el Acuerdo 27, en mayo de 1977; cuenta con una extensión aproximada de 439.000 has., de las cuales cerca de 56.250 has. están localizadas en el municipio de San Vicente del Caguán, en el Departamento de Caquetá, y el área restante pertenece al Departamento del Meta.

El Parque Nacional La Paya, se creo mediante el Acuerdo 015, de abril de 1984 de INDERENA; está localizado en el Municipio de Leguízamo, Departamento de Putumayo, y cubre una extensión aproximada de 422.000 has.

El Parque Nacional Cahuinarí fue creado mediante el Acuerdo 05, de mayo de 1987 expedido por el INDERENA; está localizado en el Departamento de Amazonas y cuenta con una extensión aproximada de 575.500 has.

En diciembre del mismo año, mediante el Acuerdo 22 expedido por el INDERENA, se crea el Parque Nacional Amacayacu, con una extensión aproximada de 293.000 has., se localiza en territorio de los Municipios de Leticia y Puerto Nariño, en el Departamento de Amazonas.
Mediante el Acuerdo 045, de septiembre de 1989 expedida por el INDERENA, se crea el Parque Nacional Chiribiquete, con una extensión territorial aproximada de 1'280.000 has. de las cuales 1'114.875 se encuentra en el Departamento de Caquetá y las restantes en el Departamento de Guaviare.

En el año 2002 mediante Resolución 198 expedida en febrero por parte del Ministerio del Medio Ambiente, fue creado el Parque Nacional Alto Fragua Indi‑Wasi con una extensión aproximada de 68.000 has. localizado en los Municipios de Belén de los Andaquíes y San José del Fragua en el Departamento de Caquetá.

El último parque en crearse en la región corresponde al Parque Nacional Río Puré localizado en el Departamento de Amazonas. Cuenta con una extensión aproximada de 999.880 has., fue creado mediante la Resolución 0764 de agosto de 2002, del Ministerio del Medio Ambiente.

En total en la región existen aproximadamente 3'236.005 has. en el régimen de Áreas Protegidas bajo la figura de Parques Nacionales Naturales. Estas áreas que corresponden aproximadamente al 13,5% del Sur de la Amazonia Colombiana, están bajo la Jurisdicción de la Unidad Administrativa Especial del Sistema Nacional de Parques Naturales, adscrita al Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial.

En la actualidad se vienen desarrollando trabajos por parte de dicha Unidad para establecer un Sistema Regional de Áreas Protegidas que permita la interconexión entre áreas protegidas de la parte andina, con el piedemonte y llanura amazónica.