En una segunda vuelta para la Contextualización del Sur de la Amazonia colombiana entran a jugar básicamente un par de criterios relacionados con las extensiones inmensas de la “Cuenca Hidrográfica del Río Amazonas” y de la República Federal del Brasil. A primera vista, un indicador operacionalmente útil para establecer un segundo nivel de jerarquía con base en estos criterios parece ser el de la “Subcuenca Superior de la Cuenca Hidrográfica del Río Amazonas”.

Y, manteniendo el criterio “cuenca” como “pista‑guía” fundamental, de acuerdo con lo previsto en la Ley 99/93, el “Conjunto de Subsubcuencas Laterales Izquierdas de la Subcuenca Superior de la Cuenca Hidrográfica del Río Amazonas” señalaría la pauta para establecer un tercer nivel de Jerarquía en la Contextualización del Sur de la Amazonia Colombiana.

El área de jurisdicción formal de CORPOAMAZONIA está incluida dentro del subconjunto de las cuencas laterales izquierdas, cuyos principales drenajes corresponden a los ríos Napo, Putumayo y Caquetá (que adquiere los nombres de Iça y Japurá respectivamente una vez entran en territorio brasilero), Negro y Branco que vierte sus aguas al Negro.

Si bien la totalidad del área jurisdiccional formal de CORPOAMAZONIA está completamente inmersa dentro del subconjunto de las cuencas laterales izquierdas de la subcuenca superior, la dinámica geológico limnológica presente en dicho subconjunto de cuencas, presenta una diferenciación clara de sus aguas, que la dividen en dos regiones marcadamente diferentes desde el punto de vista de su dinámica limnológica. Dichas divisiones pueden ser vistas como una primera aproximación a la identificación de las unidades de paisaje natural de primer orden, de interés para CORPOAMAZONIA.
En efecto, para dicho subconjunto de cuencas laterales izquierdas una primera aproximación de las características geológico limnológicas de dicha subcuenca permite diferenciar tres regiones de dinámicas diferentes, caracterizadas por la prevalencia de "aguas negras" de "aguas blancas" y de "aguas claras".

Las "aguas negras" son electrolíticamente muy pobres, con un alto contenido de sustancias húmicas, causantes de su color.

Las "aguas blancas" tienen un contenido electrolítico relativamente alto, complementado con una carga significativa de partículas en suspensión provenientes de los procesos erosivos que operan en la Cordillera de los Andes.

Las "aguas claras" tienen una carga de partículas en suspensión relativamente alta, pero son pobres en sustancias húmicas.

La literatura tiende a asociar, respectivamente, a los drenajes que nacen en la Gran Batea Amazónica Central (A) una marcada tendencia al predominio de las "aguas negras"; A las que nacen en las cumbres de la Amazonia Periférica Occidental (B), "aguas blancas"; Y a las que nacen en las cumbres, tanto de la Amazonia Periférica Septentrional (C), como de la Amazonia Periférica Meridional (D), "aguas claras" como características. Sin embargo es apenas obvio que este tipo de generalización debe interpretarse con mucho cuidado, teniendo en cuenta, tanto las condiciones locales específicas (geológico‑geomorfológicas y de cobertura vegetal en especial) prevalecientes en un lugar particular, como la época del año (en términos de dinámica climática‑hidrológica).