En el departamento del Caquetá se presentan diferentes fenómenos naturales y antrópicos que dan lugar a diversas amenazas, entre las cuales se tienen: erosión de suelos manifestados por deslizamientos y/o compactaciones de los mismos por el pisoteo del ganado; también son frecuentes las avenidas torrenciales en la cordillera y que afectan diferentes zonas del piedemonte, mientras que en la llanura se presentan inundaciones que perjudican a varias localidades. Así mismo, se presenta la caída de árboles debido a fuertes vientos, dando lugar en algunas ocasiones a las denominadas chagras de viento. De igual manera, se presenta una actividad sísmica baja a muy baja, indicando que hay actividad reciente de varias de las fallas geológicas que se encuentran en el departamento, haciendo que la vulnerabilidad y el riesgo sea bajo a moderado.
Una amenaza que es común en diferentes partes del departamento son los incendios forestales, especialmente en San Vicente del Caguán y Cartagena del Chairá.También hay sectores del departamento que presentan amenaza por generación de epidemias de ciertas enfermedades como paludismo, fiebre amarilla y otras enfermedades tropicales. Así mismo, es una amenaza la existencia de campos minados en diferentes áreas rurales, o la voladura de cierta infraestructura.
Amenaza en el suelo urbano y sus áreas aledañas
A nivel urbano se presentan amenazas por avenidas torrenciales e inundaciones como las ocurridas periódicamente en diferentes barrios de la ciudad de Florencia. Así mismo cuando se presentan fuertes vientos, se incrementa la posibilidad de que se presente la caída de árboles afectando casas y ciertas infraestructuras como la energética. De igual manera, se presentan deslizamientos en algunos sectores de varias cabeceras municipales y de inspecciones de policía principalmente.
De igual manera, la mayoría de los centros poblados del Caquetá se encuentran localizados en una zona de baja actividad sísmica, pero la vulnerabilidad de estos asentamientos es moderada, lo que hace que la zona de piedemonte y de cordillera, presenten un riesgo por actividad sísmica de moderado a alto.