Según el sistema de clasificación de Thornthwaite el Departamento de Putumayo presenta un clima que varía de Mesotérmico Perhúmedo/Húmedo en la Cordillera, a Megatérmico Perhúmedo en el Piedemonte y la Llanura amazónica, con temperaturas promedio multianuales de 11,5°C entre El Encano y Santiago hasta 25,3°C en Leguízamo y precipitaciones totales multianuales de 1.328 mm/año entre El Encano y Santiago en la Cordillera, 4.829 mm/año cerca a Villagarzón en el Piedemonte y 3.007,4 mm/año cerca a Puerto Leguízamo en la Llanura.

Los aportes de precipitación son constantes durante todos los meses del año, variando entre 630 mm anuales en los años más secos, hasta 3.500 mm en los de mayor precipitación. Sus principales arterias fluviales están representadas por los ríos Caquetá, con un caudal promedio cercano a los 4.144,8 m3/s a la altura de la estación Guaquira aguas abajo del asentamiento La Tagua (00°21'S 074°01'W); y el Putumayo, que presenta mejores condiciones de navegabilidad que el Caquetá por carecer de Raudales.

En el Departamento se diferencian la Hylaea Occidental localizada por debajo de los 1.000 msnmm hacia el sur de la divisoria de aguas de los ríos Caquetá y Putumayo; la Hylaea Noroccidental, localizada por debajo de los 1.000 msnmm hacia el norte de la divisoria de aguas de los ríos Caquetá y Putumayo; y Bosques Montanos, localizados a partir de los 1.000 msnmm.

La Hylaea Occidental, está conformada por Bosque Pluvial de Tierra Firme, siempreverde, con vegetación arbórea abundante en Leguminosas, Bombacáceas, Miristicáceas, Solanáceas, Rubiáceas, Compuestas y Lauráceas, entre otras. Existe alta presencia de palmeras, y de familias higrófilas como las Musáceas, epífitas, orquídeas y especies del género Strychno; frutales como Mirtáceas, Sapotáceas, Anacardiáceas, Lecitidáceas, además de Leguminosas.

De especial importancia comercial son las especies Cedrela odorata, Swietenia macrophylla y Cedrelinga catenaeformis; leguminosas como Trattinickia peruviana, Quassia simarouba, Virola spp, Hura crepitans, y los géneros Ceiba, Bombax, Apeiba, Inga, Ochroma, y Clusia, entre otros.

La Hylaea Noroccidental está ocupada principalmente por Bosque Pluvial de Tierra Firme con numerosas leguminosas leñosas. Se presentan Cesalpináceas, de los géneros Dimorphandra, Peltogyne, Eperua y Elizabetha; géneros ricos en endémicas como Dicoryna, Macrolobium y Swanrtzia, y familias como Euforbiácea, Guttifera y Vochisiácea. En frutales se destacan Sapotáceas, Rapatáceas, Miristicáceas, Malpigiáceas y Rutáceas, entre otras. En palmas abundan Leopoldina piassaba y Mauritia vinifera.

En esta unidad, asociados a ríos de “Aguas Negras” se presentan Bosques Pluviales de Igapó, con especies como: Licania heteromorpha, Panopsis rubescens, Conepia spp., Roupala obtusa; los géneros Inga, Phitecolobium, Calliandra, Parkia, Swartzia, y variadas Melastomatáceas, Mirtáceas y Rubiáceas. Es abundante en orquídeas, bromeliáceas, musgos y helechos.

De especial importancia en la Hylaea Noroccidental son las especies Carapa guianensis, Cedrela odorata, Cariniana micrantha, Peltogyne spp., y Mimusops huberi y especies de Calycophyllum, Eperua y Caryocar.

De los 1.000 msnmm hacia arriba se presentan los Bosques Montanos, diferenciados altitudinalmente como:

a.) Bosque Subandino, (1.000 m a 2.400 m); menor en número de especies de raíces tabulares, palmas, epífitas y lianas, pero con mayor presencia de árboles con hojas pequeñas y helechos arbóreos. Presenta especies de interés biogeográfico como Quercus granatensis, Juglans columbiensis y Podocarpus spp.

b.) Bosque Andino (> 2.400 m), caracterizados por la presencia regular de neblinas y la alta humedad. Presenta árboles de 4 m a 6 m, la mayoría deciduos, con hojas pequeñas y fustes cubiertos con musgos y epífitas dicotíleas. De especial importancia se destacan los géneros Weinmannia, Brunellia, Clusia, Befaria, Eugenia, Ilex, Oreopanax, entre otros.

c.) Páramos: Presentes en la región a partir de los 2.800 m aunque existen zonas en las que se presenta páramos azonales localizadas desde altura de 2.400  aproximadamente. En esta formación se presentan asociaciones de prados andinos con pequeños bosques de Polylepis y Espeletia. Económicamente se destacan las especies Podocarpus spp., Salix humboldtiana, Cinchona pubescens y Tabebuia spp., entre otras.

 

De acuerdo con la literatura científica, en la región amazónica en general existe una alta diversidad biológica, tanto de fauna como de flora. No obstante, a pesar de la creciente cantidad de trabajos de investigación que se desarrollan en la región, tanto por la academia como por las instituciones y la comunidad, todavía existen grandes vacíos en el conocimiento aproximado, cualitativo y cuantitativo de la oferta de flora y fauna disponible, y menos aún de cómo estas especies pueden convertirse en un factor de desarrollo para la región sin que se comprometa su permanencia en el espacio y en el tiempo.

En términos de uso y manejo de la fauna departamental, a partir del ejercicio de autoridad ambiental desarrollado por CORPOAMAZONIA, durante el año 2007 se realizaron 145 procesos de decomiso en los cuales se recuperaron vivos 49 aves, 48 mamíferos, 1.325 reptiles y 70 Gasterópodos, además de 8 pieles, 122 kg de carne, 2.160 huevos y 4 ejemplares disecados.

En la Tabla 3 se presenta la relación de especies que con mayor frecuencia vienen siendo objeto de decomiso, tanto por parte de personal de CORPOAMAZONIA como por otros organismos de control. La mayoría de estas especies son extraídas de su medio para ser comercializadas como mascotas.

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Entre las familias de la flora más representativas de la Amazonia Colombiana se destacan Mimosaceae, Arecaceae, Caesalpinaceae, Monimiaceae, Cecropiaceae, Ulmaceae, Violaceae, Bombacaceae, Clusiaceae, Piperaceae, Flacourtiacea, Fabaceae, Myrtaceae, Nyctaginaceae, Apocynaceae, Hippocrateceae, Dichapetelaceae y Bignoniaceae. Entre los géneros más abundantes están Inga, Siparuna, Ampelocera, Bahuinia, Leonia, Piper, Pouruma, Matisia, Neea, Oneocarpus, Iriartea, Tapura y Dendropanax.

Entre las especies maderables más utilizadas están el Achapo o Guamo Blanco o Guamo Cerindo (C. cateniformis), el Perillo (Couma macrocarpa), el Cedro (C. odorata), Sangretoro (Virola spp.), Carrecillo (Bombacopsis quinatum), Bilibil (Guarea sp.), Guamo Cerindo (Inga cf. cylindrica ), Guamo Diablo (Inga sp.), Capirón (Calycophyllum spruceanum),  Ahumado (Buchenavia cf. congesta Ducke), Marfil o Papelillo (Simarouba sp.), Fono Cabuyo (Eschweilera sp.), Canelo (Ocotea sp.), Chocho (Parkia cf. Panurensis), Laurel Comino (Protium sp. y Nectandra sp.).

Las especies utilizadas como leña verde para la cocción de alimentos son Huesito, Bizcocho, Golondrino, Capirón, Costillo (Aspidosperma excelsum Benth), Aceituno Blanco (Vitex sp.), Maíz Tostado (Hirtrella sp.), Cobre (Apuleia leiocarpa) y Vara Limpia o Resbalamono (Capirona decorticans). Las especies utilizadas como leña seca son Guamo (Inga spp), Sangretoro (Virola sp.), Maíz Tostado (Hirtrella sp.) y Perillo (Couma macrocarpa).Durante el período 1997–2007 se aprovecharon en la región 666.305 m3 de madera en bruto, de los cuales el 41,6% se provenían del Departamento de Putumayo, principalmente de los Municipios de Leguízamo, Orito, Puerto Caicedo y Villagarzón. A enero de 2005 existían 300 aprovechamientos forestales vigentes, 224 localizados en predios de propiedad privada y 76 en predios de propiedad pública.

Cerca del 85% del territorio del Putumayo se encuentra localizado sobre la Llanura amazónica entre los 165 m y los 300 m cubriendo el centro y el oriente del departamento, en el que predomina el tipo de drenajes meándrico. Hacia la parte centro occidental se presentan una zona de transición o piedemonte, en la cual son frecuentes los abanicos aluviales y un patrón de drenajes tipo trenzado, y ya en el extremo occidental se eleva la cordillera de los Andes que en el departamento alcanza alturas hasta de 3.560 m y en la cual los drenajes presentan un patrón encañonado con alta pendiente.

El departamento hace parte de las cuencas de los ríos Caquetá y Putumayo. A la primera, tributan sus aguas los ríos Mocoa, Mandur, Mecaya – del cual es tributario el río Yurilla que a su vez recibe las aguas del Sabilla ‑, Sencella y Nasaya. El Putumayo a su vez recibe las aguas de los ríos Orito, Guamués, San Miguel, San Juan, Cohembi, Piñuña Blanco, Piñuña Negro, principalmente, todos ellos con incidencia en el departamento. El río Putumayo finalmente descarga sus aguas sobre el río Amazonas en territorio brasilero.

En general el patrón de drenaje prevaleciente en la región es de tipo subparalelo a subdendrítico, con una alta densidad de drenajes y una baja disección, con pendientes que oscilan entre el 1 y 10% en la llanura, entre el 10 y 30% en el piedemonte y superior al 30% en la cordillera, con excepciones puntuales.

Limnológicamente en el departamento se distinguen dos tipos de agua: las Aguas Blancas, características de ríos como el Caquetá y el Putumayo, el Guamués, el San Juan y el Orito que nacen en la cordillera y presentan un alto contenido electrolítico complementado con una carga significativa de partículas en suspensión, provenientes de los procesos erosivos que operan en la Cordillera de los Andes; y las Aguas Negras como las de los ríos Mecaya, Piñuña Negro, Guineo, Nasaya y Caimán, que nacen en la llanura amazónica y se caracterizan por tener bajo contenido electrolítico y alto contenido de material húmico, causante de su color.

En el Departamento se distinguen tres unidades geomorfológicas básicas:

a) Denudacionales: comprende la “Planicie Amazónica” y el sector montañoso asociado a la Cordillera Centro-Oriental y Oriental;

b) Deposicionales: se distinguen las asociadas a depósitos y abanicos aluviales y a conos de deslizamiento, producto de la actividad orogénica. En esta unidad se encuentra la denominada “Planicie Amazónica Reciente”, asociada a los ríos Caquetá y Putumayo; y

c) Estructurales: unidades que por las fuerzas internas de la corteza terrestre, configuran el paisaje dando lugar a serranías. Esta unidad se localiza en el extremo occidental del Departamento y es conocida como Serranía de los Churumbelos.

En el departamento se pueden diferenciar tres grandes unidades de paisaje natural:

Unidad de Paisaje Cordillerano: localizado al occidente del departamento, hace parte de la cordillera oriental, aproximadamente a partir de los 900 msnmm. Esta unidad así definida cubre un área aproximada de 2.807 km2 equivalentes al 10,8% del departamento y en ella se encuentra el Valle de Sibundoy con sus cuatro Municipios. Igualmente incluye parte de los Municipios de Orito, Villagarzón y Mocoa.

Unidad de Paisaje Piedemonte Amazónico: correspondiente a la franja de transición entre el Paisaje Cordillerano y la Llanura Amazónica, localizada entre los 300 y los 900 msnmm. Esta unidad así definida cubre un área aproximada de 3.892 km2 equivalentes al 15,0% del departamento; está integrada por parte de territorio de los Municipios de San Miguel, Valle del Guamuez, Orito, Puerto Caicedo, Villagarzón y Mocoa, incluyendo sus cabeceras municipales a excepción de Puerto Caicedo que se localiza en el área de transición. Sobre esta unidad se localiza el mayor porcentaje de infraestructura vial del departamento.

Unidad de Paisaje Llanura Amazónica, localizada por debajo de los 300 msnmm. Esta unidad así definida cubre un área aproximada de 19.269 km2 equivalentes al 74,2% del departamento y está integrada por prácticamente la totalidad del territorio de los Municipios de Puerto Asís, Puerto Guzmán y Leguízamo, y parcialmente de San Miguel, Valle del Guamuez, Puerto Caicedo y una pequeña porción de Orito.De los 13 Municipios del Departamento, cuatro tienen establecidas sus cabeceras municipales en la franja de la cordillera, cinco en el piedemonte y cuatro en la llanura; sin embargo por lo menos dos de las cuatro cabeceras localizadas en la llanura están en la frontera con el piedemonte. Se llama la atención sobre este aspecto porque siendo el piedemonte el área de transición entre la cordillera y la llanura, no solamente ofrece condiciones ambientales que favorecen una mayor variedad de ecosistemas y de especies, sino que además, es donde con mayor intensidad se pueden generar altos índices de vulnerabilidad y riesgo sobre la población asentada y sobre su equipamiento e infraestructura.