Los aportes de precipitación son constantes durante todos los meses del año, variando entre 42,5 mm registrados para el mes más seco por la estación de Santa Rosa del Caguán, hasta los 510,3 mm registrados para el mes de mayor precipitación por la estación de Puerto Rico. Sus principales arterias fluviales están representadas por los ríos Caquetá, con un caudal promedio cercano a los 4.144,8 m3/s a la altura de la estación Guaquira aguas abajo del asentamiento La Tagua (00°21'S 074°01'W); el Caguán, el Orteguaza, el Tunía o Macaya, el Yarí, el Apaporis, el Hacha, El San Pedro, El Guayas y el Fraguachorroso.

Tabla 1. Parámetros de Precipitación

Tabla 2. Parámetros de Temperatura

En el Departamento se diferencian la Hylaea Región Caquetá ‑ Vaupés, localizada por debajo de los 300 msnmm hacia el norte de la divisoria de aguas de los ríos Caquetá y Putumayo; Bosque Montano Subandino localizado entre los 300 y 1.000 msnmm; Bosque Montano Andino localizado entre los 1.000 y los 2.800 msnmm; Bosque Montano de Subpáramo localizado entre los 2.800 msnmm y los 3.200 msnmm, y Bosque Montano de Páramo localizado por encima de los 3.200 msnmm.

La Hylaea Región Caquetá – Vaupés se caracteriza por la presencia de Pluviselva Tropical Siempreverde, con vegetación arbórea abundante en leguminosas leñosas. Se presentan Cesalpinacéas, de los géneros Dimorphandra, Peltogyne, Eperua y Elizabetha; géneros ricos en endémicas como Dicoryna, Macrolobium y Swanrtzia, y familias como Euforbiácea, Guttifera y Vochisiácea. En frutales se destacan Sapotáceas, Rapatáceas, Miristicáceas, Malpigiáceas y Rutáceas, entre otras. En palmas abundan Leopoldina piassaba y Mauritia vinifera.

De especial importancia son las especies Carapa guianensis, Cedrela odorata, Cariniana micrantha, Peltogyne spp., y Mimusops huberi y especies de Calycophyllum, Eperua y Caryocar.

El Bosque Montano Subandino se caracteriza por la presencia de Pluviselva Andina Siempreverde, menor en número de especies de raíces tabulares, palmas, epífitas y lianas, pero con mayor presencia de árboles con hojas pequeñas y helechos arbóreos. Presenta especies de interés biogeográfico como Quercus granatensis, Juglans columbiensis y Podocarpus spp.

El Bosque Montano Andino se caracteriza por la presencia de Vegetación Andina de Perennes y Deciduas, la presencia regular de neblinas y la alta humedad. Presenta árboles de 4 m a 6 m, la mayoría deciduos, con hojas pequeñas y fustes cubiertos con musgos y epífitas dicotíleas. De especial importancia se destacan los géneros Weinmannia, Brunellia, Clusia, Befaria, Eugenia, Ilex, Oreopanax, entre otros.

Bosque Montano de Subpáramo, caracterizado por la presencia de Vegetación Andina de Alta Montaña aunque en la zona se encuentran páramos azonales localizadas desde una altura de 2.400 msnmm aproximadamente. En esta formación se presentan asociaciones de prados andinos con pequeños bosques de Polylepis y Espeletia. Económicamente se destacan las especies Podocarpus spp., Salix humboldtiana, Cinchona pubescens y Tabebuia spp., entre otras.

La fauna: aprovechamiento y conflictos.

De acuerdo con la literatura científica, en la región amazónica existe una alta diversidad de fauna y de flora. No obstante, a pesar de la creciente cantidad de trabajos de investigación que se desarrollan en la región, tanto por la academia como por las instituciones y la comunidad, todavía existen grandes vacíos en el conocimiento aproximado, cualitativo y cuantitativo de la oferta de flora y fauna disponible, y menos aún de cómo estas especies pueden convertirse en un factor de desarrollo para la región sin que se comprometa su permanencia en el espacio y en el tiempo.

En términos de uso y manejo de la fauna departamental, a partir del ejercicio de autoridad ambiental desarrollado por CORPOAMAZONIA, durante el año 2007 se realizaron 127 procesos de decomiso en los cuales se recuperaron vivos 155 reptiles, 97 aves y 42 mamíferos. Además de una piel, 14 kg de carne, y 14.444 huevos de la especie Podocnemis unifilis extraídos de las playas del río Caguán en el Municipio de Cartagena del Chairá.

En la Tabla 3 se presenta la relación de especies que con mayor frecuencia vienen siendo objeto de decomiso, tanto por parte de personal de CORPOAMAZONIA como por otros organismos de control. La mayoría de estas especies son extraídas de su medio para ser comercializadas como mascotas.

Tabla 3. Relación de Principales especies de fauna decomisada

Fuente: Estadisticas de decomisos Corpoamazonia 2007.

Entre las familias de la flora más representativas de la Amazonia Colombiana se destacan Mimosaceae, Arecaceae, Caesalpinaceae, Monimiaceae, Cecropiaceae, Ulmaceae, Violaceae, Bombacaceae, Clusiaceae, Piperaceae, Flacourtiacea, Fabaceae, Myrtaceae, Nyctaginaceae, Apocynaceae, Hippocrateceae, Dichapetelaceae y Bignoniaceae. Entre los géneros más abundantes están Inga, Siparuna, Ampelocera, Bahuinia, Leonia, Piper, Pouruma, Matisia, Neea, Oneocarpus, Iriartea, Tapura y Dendropanax.

Entre las especies maderables más utilizadas están el Achapo o Guamo Blanco o Guamo Cerindo (C. cateniformis), el Perillo (Couma macrocarpa), el Cedro (C. odorata), Sangretoro (Virola spp.), Carrecillo (Bombacopsis quinatum), Bilibil (Guarea sp.), Guamo Cerindo (Inga cf. cylindrica ), Guamo Diablo (Inga sp.), Capirón (Calycophyllum spruceanum),  Ahumado (Buchenavia cf. congesta Ducke), Marfil o Papelillo (Simarouba sp.), Fono Cabuyo (Eschweilera sp.), Canelo (Ocotea sp.), Chocho (Parkia cf. Panurensis), Laurel Comino (Protium sp. y Nectandra sp.), Madura Plátano (Sterculia sp.)

Las especies utilizadas como leña verde para la cocción de alimentos son Huesito, (Memora cladotricha Sandwith), Bizcocho (Siparuna decipiens), Golondrino, (Guatteria megalophylla y Oxandra xylopioides, Diels), Capirón, (Calycophyllum spruceanum), Costillo (Aspidosperma excelsum Benth), Aceituno Blanco (Vitex sp.), Maíz Tostado (Hirtrella sp.), Cobre (Apuleia leiocarpa) y Vara Limpia o Resbalamono (Capirona decorticans). Las especies utilizadas como leña seca son Guamo (Inga spp), Sangretoro (Virola sp.), Maíz Tostado (Hirtrella sp.) y Perillo (Couma macrocarpa).

Durante el período 1997–2007 se aprovecharon en la región 666.305 m3 de madera en bruto, de los cuales el 49,2% fueron en Caquetá, principalmente en los Municipios de Valparaíso, Curillo, San Vicente del Caguán, Cartagena del Chairá y Solano. A enero de 2005 existían 107 aprovechamientos forestales vigentes, 99 localizados en predios de propiedad privada y 8 en predios de propiedad pública.

En el departamento se pueden diferenciar tres grandes unidades de paisaje natural:

Unidad de Paisaje Cordillerano: localizado al occidente del departamento, hace parte de la Cordillera Oriental, aproximadamente a partir de los 900 metros sobre el nivel medio del mar (msnmm). Esta unidad así definida cubre un área aproximada de 6.783 km² equivalentes al 7,3% del departamento, comprende parte de los municipios de San José del Fragua, Belén de los Andaquíes, Florencia, La Montañita, El Paujíl, El Doncello, Puerto Rico y San Vicente del Caguán.

Unidad de Paisaje Piedemonte Amazónico: correspondiente a la franja de transición entre el Paisaje Cordillerano y la Llanura Amazónica, localizada entre los 300 y los 900 msnmm. Esta unidad así definida cubre un área aproximada de 6.772 km² equivalentes 7,3% del departamento, comprende parte del territorio de los municipios de San José del Fragua, Albania, Belén de los Andaquíes, Morelia, Florencia, La Montañita, El Paujíl, El Doncello, Puerto Rico y San Vicente del Caguán. Sobre esta unidad se localiza el mayor porcentaje de infraestructura vial del departamento.

Unidad de Paisaje Llanura Amazónica: localizada por debajo de los 300 msnmm. Esta unidad así definida cubre un área aproximada de 79.714 km² equivalentes al 85,4% del departamento, cubre todo el territorio de los municipios de Curillo, Solita, Solano, Valparaíso, Milán y Cartagena del Chairá; y parcialmente territorio de los Municipios de San José del Fragua, Albania, Belén de los Andaquíes, Morelia, Florencia, La Montañita, El Paujíl, El Doncello, Puerto Rico y San Vicente del Caguán.

En la unidad de Piedemonte y en la zona de transición entre ésta y la unidad de Llanura se encuentran localizadas las cabeceras municipales de San José del Fragua, Albania, Belén de los Andaquíes, Morelia, Florencia, La Montañita, El Paujíl, El Doncello, Puerto Rico y San Vicente del Caguán. Igualmente, es en ésta franja en la cual se concentra la mayor cantidad de infraestructura y equipamiento disponible en el departamento.