Entre los sistemas de actividades productivas más importantes de la región suramazónica colombiana, relacionados con el sector primario de la economía, se encuentran la ganadería, la agricultura, la explotación de flora y fauna, y de hidrocarburos. También se presentan los cultivos con fines “ilícitos” que absorben gran parte de la mano de obra no calificada disponible en la región.

Durante el año 2000, la actividad ganadera se concentró principalmente en los Municipios de San Vicente del Caguán, Florencia, Morelia, La Montañita y Puerto Rico en Caquetá; y Puerto Asís, Leguízamo, Villagarzón y Orito en Putumayo, con más de 2,4 millones de has en pastos y 1’843.109 cabezas de ganado bovino. De este total, 340.435 cabezas (18,5%) se destinaron a la producción de leche alcanzando los 427’596.405 de litros. De esta producción, el Departamento de Putumayo exportó a Nariño, Cauca y Valle, 19’990.575 de litros (70% de su producción), y el 30% restante se destinó para consumo local. El Departamento de Caquetá transformó el 100% de su producción en lácteos semielaborados.

En el mismo año, el área dedicada a la agricultura en la región se estimó en 76.271 has, con una producción de 331.061 toneladas, en plátano, yuca, maíz tradicional, caña panelera, arroz secano manual, fríjol, cacao y papa. Por otra parte, el Consejo Nacional de Estupefacientes reportó para el país un total de 152.780 has. en cultivos de coca, 27.965 de ellas en el Departamento de Caquetá y 59.233 en el Departamento de Putumayo. Durante los últimos 3 años, la política de erradicación de cultivos con fines ilícitos aplicada por el Gobierno Nacional, presenta una disminución de estas áreas, especialmente en el departamento de Putumayo, donde en la actualidad, no superan las 15.000 has.

El aprovechamiento de maderas durante el período 1997 ‑ 2001, fue de 303.936 m3 de las especies cedro, amarillo, achapo, caracolí, perillo, popa, sangretoro, arenillo y guarango, principalmente. El 59% de este volumen provino del Departamento de Caquetá, básicamente de los Municipios de Curillo y San Vicente del Caguán; el 9% del municipio de Puerto Nariño y del corregimiento de Tarapacá en Amazonas, y el 32% restante de los Municipios de Puerto Caicedo y Villagarzón en Putumayo; con destino hacia mercados de Bogotá, Neiva, Pasto y Cali.

La pesca ornamental sobre los ríos Caquetá y Putumayo, y de consumo sobre los ríos Amazonas y Putumayo también ha sido una actividad permanente en la región.

Con respecto a los ornamentales, en el período 1995 ‑ 2001 se movilizaron 15’593.300 unidades de tigrito, arawana, cucha real y estrigatas, principalmente hacia Bogotá.

Con relación a los peces de consumo, durante el mismo período se movilizaron 50.947 toneladas de baboso blanco, chontaduro, guacamayo, capitán, barbiplancho y bocachico, desde Leticia, Puerto Leguízamo y Puerto Asís, hacia Neiva y Bogotá, principalmente.

La actividad minera está representada principalmente por la explotación petrolera, con aproximadamente 120 pozos operando en el Departamento de Putumayo. De acuerdo a los datos presentados por el Banco de la República en el Informe de Coyuntura Económica Regional, II Semestre de 2000, la producción por esta actividad ha disminuido drásticamente en los últimos años, pasando de 120.000 barriles/día en los setenta’s a 13.500 barriles/día en los noventa’s. Otra faceta de la economía minera está representada por la explotación artesanal de oro, especialmente sobre el río Caquetá.

Los sistemas de actividades productivas de la región suramazónica colombiana, relacionados con los sectores secundario y terciario de la economía, son aún incipientes, debido principalmente, a la escasa disponibilidad de equipamiento y de infraestructura.

En el sector secundario sobresalen fábricas de gaseosas, de licores y de materiales de construcción (ladrillos, tejas y cal); transformación de productos lácteos, de palmito de chontaduro en conservas, de maderas, de curtiembres y de derivados del petróleo.

En el sector terciario sobresalen empresas prestadoras de servicios como la banca, hotelería y turismo, transportes, comercio, comunicaciones, y entidades estatales.