El área jurisdiccional formal de CORPOAMAZONIA se enmarca en los límites político administrativos establecidos para los Departamentos de Amazonas, Caquetá y Putumayo. Estos Departamentos están conformados por 31 Municipios.

La entidad territorial Amazonas, aparece como consecuencia de la definición de los límites de Colombia con Perú y Brasil, bajo la figura de Comisaría Especial creada mediante la Ley 96 de 1928. Su creación obligó a la modificación de los límites de las también Comisarías Especiales de Caquetá y Putumayo, las cuales tuvieron que ceder parte de sus territorios a la naciente entidad. En 1931 mediante la Ley 2, es transformada a Intendencia Nacional y sus límites son ampliados, nuevamente a expensas de las Comisarías Especiales de Caquetá y Putumayo. Mediante la Ley 2 de 1943 adquiere la calidad de Comisaría, y con la promulgación del Decreto Intendencial 27 de 1950 se redefinen sus límites a los que presenta en la actualidad, los cuales fueron ratificados con la Constitución Política de Colombia de 1991, al convertirla en Departamento.

Este Departamento está conformado por dos municipios y nueve “Corregimientos Departamentales” que cubren el 95% de su área, pero sobre los cuales existe un vació jurídico, ya que dichas entidades no están formalmente establecidas dentro del ordenamiento territorial colombiano. Leticia, su capital, fue establecida como municipio en el año de 1964 mediante el Decreto Ejecutivo 352.

La entidad territorial Caquetá inicia su vida mediante la promulgación de la Ley 28 de 1904 como Provincia del Alto Caquetá, perteneciente al Departamento de Tolima. En 1905 por medio del Decreto 177 se reorganiza la región y se crea la Intendencia del Alto Caquetá, que abarca el territorio comprendido en el interfluvio de los ríos Guaviare y Caquetá y se designa a Florencia como su capital. En 1906 las Intendencias son absorbidas por los departamentos y el territorio perteneciente a Caquetá es repartido entre los departamentos de Cauca y Nariño.

La Ley 88 de 1910 establece las bases para la creación de las Comisarías Especiales y mediante el decreto 642 de 1912 se crea la de Caquetá, que posteriormente se transforma nuevamente en Intendencia, cubriendo el territorio localizado entre los ríos Apaporis y Putumayo. A través de los años se siguen modificando sus límites por medio del Decreto 82 de 1920; la Ley 96 de 1928, la Ley 2 de 1931; el Decreto Intendencial 27 de 1950, que además la eleva a la categoría de Intendencia del Caquetá; y el Decreto Intendencial 56 de 1953 que fija los límites actuales, los cuales fueron ratificados por la Constitución Política de Colombia de 1991, al convertirla en Departamento.
Este Departamento está conformado por 16 municipios, y Florencia, su Capital fue establecida como municipio en el año de 1912 mediante el Decreto Ejecutivo 642.

La entidad territorial Putumayo, aparece mediante el Decreto 177 de 1905 bajo la figura de Intendencia del Putumayo, con capital Mocoa. Con la absorción de las Intendencias por los departamentos en 1906 el territorio perteneciente a Putumayo pasa a formar parte del Departamento de Nariño y en 1912 mediante el decreto 320 reaparece como Comisaría Especial.

En 1920, a raíz de la definición de los límites con la republica de Ecuador, se introducen modificaciones a sus límites y posteriormente vuelven a redefinirse mediante la Ley 96 de 1928, cuando se definen los límites con Perú y Brasil. En 1931 mediante la Ley 2, se sustrae parte de su territorio para ser anexado a la naciente Intendencia de Amazonas y en el año 1950, nuevamente se sustrae una porción del territorio que es anexado a la Intendencia del Caquetá; el territorio restante es anexado al Departamento de Nariño en 1953, y en 1956, la porción inicial que fuera anexada a la Intendencia del Caquetá, también pasa a hacer parte de Nariño. En el año 1957 se desanexan de Nariño y se redefinen sus límites los cuales fueron ratificados por la Constitución Política de Colombia de 1991, al convertirla en Departamento.

Este Departamento está conformado por 13 municipios, y Mocoa su Capital fue establecida como municipio en el año de 1958 mediante la Resolución 132 del Ministerio de Gobierno.