Como resultado de las diferentes decisiones de ordenamiento territorial que se han tomado para la región, se ha configurado una amalgama de áreas en las cuales ejercen jurisdicción diferentes agentes.

Entre ellos están las comunidades indígenas encargadas de administrar un territorio superior a los 10’000.000 de has. adjudicadas a través del establecimiento de resguardos indígenas, muchos de los cuales cuentan con extensiones territoriales menores de 100 hectáreas, hasta las dimensiones del resguardo Predio Putumayo, con 5'869.447 has.

El Sistema Nacional de Parques Nacionales Naturales, cuenta con un área aproximada de 3'529.000 has. bajo su jurisdicción en la región, representada por siete Parques Nacionales Naturales.

El resto del territorio está integrado por las áreas que aún están cobijadas bajo el régimen de la reserva forestal de la Amazonia creada mediante la Ley 02 de 1959, la Reserva Forestal Protectora de la Cuenca Alta del río Mocoa y la Reserva Forestal de Puerto Solano, que hacen parte de la jurisdicción de CORPOAMAZONIA; unas zonas de responsabilidad especial del Ministerio de Defensa a lo largo del río Putumayo creada mediante el Decreto Ley 2324 de 1984, y las áreas que han sido objeto de las sustracciones de la Ley 02 de 1959, las cuales se encuentran bajo la jurisdicción de los Departamentos y los Municipios en las cuales se localizan.

Igualmente existen unas áreas reservadas para la realización de actividades mineras de hidrocarburos, localizadas al occidente del departamento de Putumayo.

Las características de la región, la condición de marginalidad de la infraestructura y el equipamiento prevalecientes, las carencias prevalecientes por la falta de instrumentos de planificación de largo plazo para el desarrollo integral de la región, sumado a la creciente cantidad de titularidades entre los diferentes representantes de las figuras de ordenamiento existentes, son elementos que hay que tener en consideración al momento de establecer procesos de ordenación ambiental territorial para la región, que contribuyan al uso eficiente de su oferta natural y garanticen verdaderos procesos de desarrollo sostenido y sostenible para sus habitantes, en función de alcanzar un mejoramiento de la calidad de vida de los mismos.

Si bien muchas de estas figuras ya están definidas y establecidas por norma, no han alcanzado a plenitud los fines para los cuales fueron creadas, por diferentes razones entre las que se puede contar la debilidad de las administraciones locales, departamentales y regionales, en términos de recursos e instrumentos, la falta de políticas claras, las dificultades de acceso a gran cantidad de áreas en la región, los problemas de orden social prevalecientes, entre otros.