En la actualidad existen una serie de procesos y/o proyectos, en gestión o ejecución en la región, orientados a alcanzar un ordenamiento y una ordenación de actividades tanto productivas como de conservación y de generación de conocimiento, que se vienen adelantando por diferentes actores y agentes regionales. Entre estos proyectos o procesos relacionados con el fortalecimiento institucional y social, sistemas de información, investigación básica o aplicada, ordenación ambiental, manejo de recursos naturales, sistemas productivos, infraestructura o equipamiento, entre otros, se presentan los siguientes:
- Tratados bilaterales con Brasil, Perú y Ecuador, en el marco del Tratado de Cooperación Amazónica.
- Agenda 21 Amazonia colombiana, coordinado por el Instituto Sinchi.
- Formulación y/o ejecución de Planes de Ordenamiento Territorial Municipal y Planes Integrales de Vida de comunidades indígenas y afrocolombianas.
- Ordenación y Manejo del Ecosistema Estratégico Macizo colombiano, entre los Departamentos de Cauca, Huila, Nariño, Putumayo, Valle y Tolima.
- Plan de Ordenación y Manejo Ambiental del Corredor Biológico Serranía de los Churumbelos ‑ Cueva de los Guácharos, y su área de influencia en los Departamentos de Caquetá, Cauca y Putumayo.
- Ordenación de áreas fronterizas con Brasil y Perú por parte del Instituto SINCHI (PPSP, PCP, PAT)
- Ordenación y Manejo de: 670.000 has de bosques naturales en Mecaya, y 15.600 has en la cuenca alta del río San Juan, Departamento de Putumayo; 450.000 has de bosques naturales en Tarapacá y 53.700 has en Puerto Nariño, Departamento de Amazonas, 813.250 has de bosques naturales en las cuencas de los ríos Yarí y Caguán, Departamento de Caquetá, por parte de CORPOAMAZONIA
- Propuesta de configuración de un Sistema Regional de Áreas Protegidas, por parte de la Unidad Administrativa Especial del Sistema Nacional de Parques Naturales.
- Establecimiento de tres núcleos forestales protectores ‑ productores (180.000 has) para el desarrollo de modelos de aprovechamiento sostenible en el Departamento de Putumayo.
- Explotación y manejo integral de bosques en Tarapacá por parte del Instituto SINCHI.
- Ejecución del proyecto “Raíz por Raíz” con comunidades indígenas del Departamento del Putumayo.
- Ordenación de la actividad pesquera sobre el Putumayo.
- Plan de Ordenación Acuícola en los departamentos de Caquetá y Putumayo
- Exploraciones petroleras en el Piedemonte Putumayense y Caqueteño, y en la Baja Bota Caucana.
- Investigaciones sobre sistemas productivos en diseño de arreglos agroforestales y difusión del caucho, por el Instituto Sinchi y CORPOICA.
- Proyecto de indicadores para el seguimiento a la política de biodiversidad del SINA, coordinado por el Instituto Alexander von Humboldt.
- Pavimentación de la vía Mocoa ‑ Santana ‑ Puente Internacional sobre el río San Miguel.
- Construcción de la vía Variante Mocoa ‑ San Francisco y Construcción de la vía Variante Santiago ‑ El Encano.
- Proyecto Hidroeléctrico Alto Andaquí.