A mediados del siglo XX el gobierno nacional empieza a reconocer en su legislación, los derechos de los pueblos indígenas, sobre los territorios ancestralmente ocupados por ellos.

A partir de 1966 se promovió la creación de reservas indígenas como una forma de tenencia provisional de carácter colectivo, y para 1977 se empieza a conferir carácter legal de resguardo a dichas reservas. Proceso que en la actualidad ha generado el establecimiento de aproximadamente 120 resguardos en toda la Amazonia Colombiana, en los que habitan unos 56 pueblos indígenas pertenecientes a las familias lingüísticas Tucano, Arawak, Witoto, Guahíbo, Makú-Puinave, Quechua, Bora, Sáliba-Piaroa, Chocó, y Caribe. De estos resguardos, la mayoría están localizados en el área de jurisdicción de CORPOAMAZONIA.

Los resguardos de mayor extensión territorial están localizados en el departamento de Amazonas, entre ellos, el resguardo Predio Putumayo, que cubre una extensión territorial de 5'869.447 en la que habitan comunidades pertenecientes a varios grupos étnicos y lingüísticos como Witoto, Mirañas, Boras, Andoques, Ocainas, Muinanes, Nonuyas, además de estos también se encuentran poblaciones pertenecientes a los grupos étnicos Murui-Muinane, Carijona, Yucuna, Cabiyarí, Inga, Siona, y Letuama, entre otras.

Las comunidades asentadas en el territorio están agremiadas en diferentes organizaciones que ejercen su representación. En el Departamento de Amazonas funcionan: la Organización Zonal Indígena de La Pedrera y Mirití-Amazonas, ‑ OZIPEMA –; la Asociación de Cabildos Indígenas del Mirití-Amazonas, ‑ ACIMA –; la Confederación Indígena del Alto Amazonas, ‑ COIDAM ‑; la Asociación de Cabildos Indígenas del Trapecio Amazónico – ACITAM ‑; el Consejo Regional Indígena del Alto Amazonas,  ‑CRIMA ‑; el Consejo Indígena Zonal de Amazonas, ‑ COINZA ‑; la Asociación de Cabildos Indígenas de La Pedrera y Mirití-Amazonas, ‑ AZIPEMA ‑; la Asociación de Cabildos Indígenas del Resguardo Yaigoge-Apaporis, ‑ ACIYA –; y, el Consejo Zonal de Tarapacá-Amazonas, ‑ CIZTAR ‑.

En el Departamento de Caquetá, la organización de las comunidades está representada por: la Organización Inga del Sur Colombiano, ‑ ORINSUC ‑; la Confederación Regional Indígena de Orteguaza Medio-Caquetá, ‑ CRIOMC ‑; la Organización Uitoto del Caquetá, Amazonas y Putumayo, ‑ ORUCAPU ‑; y; el Comité Indígena Páez y Emberá del Caquetá, ‑ CIPEC ‑.

La organización de las comunidades del departamento de Putumayo, es ejercida por: la Organización Zonal Indígena del Putumayo, ‑ OZIP ‑; la organización Indígena Musu-Runakuna, ‑ Hombres Nuevos ‑; la Asociación de Cabildos Indígenas de Puerto Leguízamo y Alto Predio Putumayo, ‑ ACILAPP ‑; la Asociación de Cabildos Indígenas del Valle del Guamués, ‑ ASCINVAGUA ‑; la Asociación de Cabildos Indígenas del Municipio de Orito, ‑ ASOCIPCA ‑; y la Asociación de cabildos Indígenas del Valle de Sibundoy.

A nivel regional funciona la Organización de Pueblos Indígenas de la Amazonia Colombiana, ‑ OPIAC – que aglutina las comunidades de la región y a nivel nacional las comunidades indígenas están representadas por la Organización Nacional Indígena de Colombia – ONIC ‑.

Aparte de los procesos de colonización tradicional ejercida durante el último siglo por parte de campesinos y colonos provenientes de diferentes lugares del país, la región también ha sido objeto de procesos de colonización indígena recientes, como resultado de procesos migratorios de grupos étnicos provenientes de la región andina y del pacífico. Como casos significativos se destacan la migraciones de los grupos Emberá-Catíos del Valle del Cauca, Emberá del Chocó, Pastos-Quillacingas y Awas de Nariño y Paeces del Cauca, entre otros.