Desde el punto de vista de su origen, de acuerdo con PRORADAM (1979), en la región suramazónica colombiana, se presentan los siguientes tipos de suelos:
- Suelos formados de los depósitos aluviales y fluviotorrenciales entre los que se distinguen los asociados a los depósitos de los ríos de origen andino como el Amazonas, el Caquetá y el Putumayo; los asociados a los ríos de origen amazónico como el Yarí, el Igará Paraná y el Cara Paraná; los suelos de valles menores con influencia coluvio-aluvial; los suelos de terrazas; y, los suelos de los abanicos del piedemonte.
- Suelos originados por la denudación sobre la superficie sedimentaria terciaria, que cubren la mayor extensión en la región; y,
- Suelos asociados a las estructuras geológicas, entre los que se presentan los relacionados con la formación Araracuara y las secuencias ígneo-metamórficas en los extremos occidental y oriental de la región.
En el sector cordillerano se presentan suelos de espesor muy delgado, debido a la alta pendiente del terreno. De igual manera, y de forma muy localizada se presentan suelos formados a partir de depósitos volcánicos.
La evolución, clase y propiedades de los suelos varían de acuerdo con la posición que ocupan en la geoforma. Así, en los planos de inundación (vegas) son muy superficiales, muy pobremente drenados y sufren prolongadas inundaciones; son en términos generales ácidos a muy ácidos, con un alto contenido de aluminio que los hace tóxicos; las texturas son muy finas a finas, la consistencia firme, pegajosa y plástica, y pertenecen a las clases Tropaquepts, Fluvaquents, Epiaquents, o Endoaquents, con los subgrupos Typic, Tropic o Aeric, Tropic.
Estos suelos tienen buena disponibilidad de calcio, magnesio y potasio y ofrecen por lo tanto condiciones químicas aceptables para algunos cultivos. Igualmente presentan contenidos moderados de minerales que al intemperizarse ceden elementos nutritivos, por lo cual se consideran de buena fertilidad potencial. El principal limitante radica en las inundaciones frecuentes de duración variable.
Los mejores suelos para desarrollar actividades agrícolas son los que se asocian con los depósitos aluviales de los ríos de origen andino, por su alto contenido de elementos químicos necesarios para las plantas. De igual manera, presentan buenas posibilidades algunos sectores de los suelos originados de abanicos aluviales en el piedemonte cordillerano; mientras que en los suelos asociados a la planicie sedimentaria requiere un manejo rotatorio, similar al realizado por las comunidades indígenas a través de las chagras.
De acuerdo con la clasificación mundial de suelos, a nivel de Orden, en la región se presentan los siguientes:
- Andisoles, asociados a las márgenes del río Amazonas cubriendo parte de los municipios de Leticia y Puerto Nariño;
- Inceptisoles, caracterizados por presentar unos horizontes levemente desarrollados con minerales fáciles de alterar, se encuentran asociados a las márgenes de los ríos Napo y Putumayo y una pequeña área al norte de la desembocadura del río Apaporis sobre el río Caquetá, por fuera de la región;
- Ultisoles, caracterizados por ser de regímenes térmicos mésicos y cálidos, con un horizonte argílico y un bajo nivel de bases (PSB < 35%), asociados a una pequeña área en el piedemonte putumayense, que cubre las localidades de Orito, Puerto Asís, Puerto Caicedo, Villagarzón, San Miguel, Valle del Guamuez y se extiende hacia el sur hasta Lago Agrio en el Ecuador; y,
- Oxisoles, suelos de bajas latitudes, muy antiguos y alterados, que poseen un horizonte óxico y un bajo valor de capacidad de Intercambio catiónico, los cuales presentan la mayor extensión cubriendo toda la Planicie.