Dadas las características geológicas, geomorfológicas, hidrológicas, climatológicas, entre otras, el departamento está sometido a la acción de diferentes eventos naturales, entre los que se destacan la actividad sísmica, por la cual buena parte de las unidades de piedemonte y cordillera están catalogadas como de mediano a alto riesgo sísmico; inundaciones, crecidas torrenciales, movimientos en masa de diferentes velocidades (reptaciones, deslizamientos y flujos), vendavales y en menor proporción la actividad volcánica.

La actividad humana también ha generado condiciones propicias para la ocurrencia de fenómenos catastróficos, bien por cambios severos en la cobertura de los suelos, como deforestación en áreas de alta pendiente y precipitación, y en las márgenes de los ríos, o bien por el establecimiento de infraestructura y equipamiento en zonas de alto riesgo, provocando fenómenos como avenidas torrenciales en la cordillera que afectan diferentes zonas del piedemonte y la llanura por la presencia de inundaciones en asentamientos y áreas de cultivos. Otros efectos asociados con las actividades humanas tienen que ver con la erosión y compactación de los suelos por actividades como la ganadería.

También es alta en el departamento la amenaza de enfermedades tropicales, especialmente en zonas por debajo de los 1.000 msnmm por la presencia de los vectores para enfermedades como la malaria o paludismo, la fiebre amarilla y la leishmaniasis, asociadas a zonas rurales.Adicionalmente y como consecuencia directa del conflicto armado del país, también se presenta la amenaza de campos minados y la potencial voladura de oleoductos, con los problemas asociados de contaminación con hidrocarburos a cuerpos de agua y suelos.