La región suramazónica colombiana se ha visto, y seguirá estando, afectada por amenazas naturales de diferente origen, entre las que se destacan:

• Amenazas de origen Volcánico en la Cordillera Centro ‑ Oriental, representado por complejos como el de Doña Juana y Bordoncillo ‑ Patascoy, que pueden afectar principalmente las zonas de cordillera y piedemonte del Departamento de Putumayo, bien sea por derrames volcánicos, por flujos y lluvias piroclásticas, o por ambos
• Amenazas de origen Sísmico, debido a la actividad de los diferentes sistemas de fallas como el de Suaza y el del Frente Cordillerano o Guaicáramo, que a su vez están influenciados por el choque entre las placas tectónicas de Nazca, al occidente, y la Suramericana al oriente. Esta actividad sísmica afecta principalmente los centros poblados y actividades humanas localizadas en las Cordilleras Centro ‑ Oriental y Oriental y el piedemonte.
• Amenazas por Inestabilidad de laderas, principalmente en la cordillera y piedemonte, favorecida por la precipitación, la pendiente del terreno, el fracturamiento de las rocas y la intervención antrópica en altas pendientes
• Amenazas de origen Hidrometeorológico, representadas por avenidas torrenciales, que se presentan en la cordillera y piedemonte por el crecimiento súbito de los cuerpos de agua con gran poder erosivo y de transporte de material. A esta categoría también pertenecen las inundaciones, las cuales tiene sus principales manifestaciones en el piedemonte y la llanura amazónica; así como los vientos fuertes y las tormentas, frecuentes en la llanura amazónica

Los mayores grados de amenaza para la región suramazónica colombiana se presentan en las zonas de Piedemonte, donde se concentra la mayor cantidad de población y su infraestructura económica y equipamiento social.

Dentro de esta categoría se localizan las cabeceras de los Municipios de Santiago, Colón, Sibundoy San Francisco, Mocoa, Villagarzón, Puerto Guzmán, Puerto Caicedo, Puerto Asís, Orito, Valle del Guamuez y San Miguel, en el Departamento de Putumayo. Igualmente las cabeceras de los Municipios de Florencia, Belén de los Andaquíes y San José del Fragua en el Departamento de Caquetá. Para este mismo departamento, las cabeceras municipales de Morelia y Albania se localizan en la frontera entre alta y media amenaza, mientras que las cabeceras de los municipios restantes se localizan dentro de la categoría media, junto con las cabeceras municipales de Leticia y Puerto Nariño, y las cabeceras corregimentales de Tarapacá, La Pedrera, Puerto Arica y Mirití Paraná en el Departamento de Amazonas.

En la categoría de baja amenaza se localizan la cabecera municipal de Puerto Leguízamo, en el Departamento de Putumayo y las cabeceras corregimentales de El Encanto, Puerto Alegría, Puerto Santander, La Victoria y la Chorrera, en el Departamento de Amazonas.

Las áreas relacionadas con amenazas medias se localizan en dos franjas que cubre la parte centro occidental del área de jurisdicción, en la zona próxima al piedemonte y en una gran franja que cubre todo el extremo oriental de la jurisdicción, abarcando la mayoría del departamento de Amazonas. Las amenazas prevalecientes en estas áreas están relacionadas con la posibilidad de eventos volcánicos, símicos, avenidas torrenciales e inundaciones.

Las áreas de amenazas caracterizadas como de bajo riesgo, están localizadas en la franja central del área de jurisdicción y están relacionadas principalmente con la posibilidad de eventos eólicos y sísmicos.